В ПЭММ пять уровней мироздания:

1. Электромагнитная, гравитационная и смешанная материя: Электрон, позитрон, гамма-квант и гамма-частица — корпускулы, участвующие в электромагнитных взаимодействиях. Гравитационная материя: мюонный мезон (масса около 0,112880 а.е.м.) рассматривается как материальный компонент тёмной материи и носитель гравитационного взаимодействия. Смешанная материя: протоны, нейтроны и другие тяжелые частицы, обладающие одновременно как электромагнитными, так и гравитационными свойствами.
2. Второй уровень (Атомные ядра, нуклоны и мезоны): Включает в себя структуры атомных ядер, собранные из нуклонов (протонов и нейтронов) и мезонов, включая внутренние электроны и мезоны, входящие в состав протона. Внутренние нуклоны ядра — преимущественно нейтроны, поверхностные — протон-электронные пары. В тяжёлых ядрах количество нейтронов превышает количество протонов, что стабилизирует ядро за счёт уменьшения кулоновского отталкивания. В экстремальных условиях (например, в сверхновых звёздах) внешнее давление приводит к принудительному вдавливанию электронных оболочек и превращению протона и электрона в нейтрон с выделением энергии связи в виде гамма-квантов. При этом масса нейтрона оказывается меньше суммы масс свободного протона и электрона. При сильном сближении электрона и протона часть мюонных мезонов каркаса проникает внутрь объема электрона, формируя электронный мюон с зарядом плюс 1 (позитрон) или минус 1 (электрон). В этом случае электрон становится жесткой частью атомного ядра.
3. Третий уровень (Макроскопические структуры): Включает в себя все физические объекты, состоящие из атомов и молекул — кристаллы, жидкости, газы и прочие макроскопические тела материального мира. Их физико-химические свойства полностью определяются механическим зацеплением и геометрией магнитных векторов ядер на первых двух субмикроскопических уровнях.
4. Четвертый уровень (Космические объекты): Крупномасштабные материальные структуры Вселенной: планеты, звёзды, звёздные скопления и галактики. На данном уровне протекают масштабные процессы гравитационного взаимодействия, нуклеосинтеза в звёздах, формирования и эволюции космических систем. Состав планет — разнообразные химические элементы и их соединения; звёзд — преимущественно водород и гелий; галактик — звёзды, межзвёздный газ, космическая пыль и тёмная материя.
5. Пятый уровень (Квантование поля в физике): Базовый, фундаментальный уровень материальной среды. Описывает чистые, обособленные кванты полей: гравитационные, электрические и магнитные. Данные кванты пронизывают пространство и определяют механизмы всех взаимодействий на всех остальных уровнях реальности. Субквантовые поля рассматриваются как материальный базис, на котором построена вся физическая структура и процессы Вселенной.